Теоретическая платформа ЦСКО "Synergia" образована триединством составных частей. Первая и главная из них – системно-информационная парадигма, в свете которой рассматривается организация человеческих сообществ и нервных сетей, выясняется суть их функциональной целостности. Обращается внимание на преимущество определения системы как комплекса элементов, взаимодействующих под влиянием собственного системоорганизующего фактора, благодаря чему открывается перспектива согласования универсальных системных закономерностей и индивидуальных особенностей отдельных систем. Вторая часть платформы – эволюционно-организменный подход к пониманию целесообразности функциональной организации системных образований, предоставляющий ориентиры для выявления системоорганизующих факторов развития человеческих сообществ и нервных сетей. И в-третьих, теория управления «большими» системами (то есть, такими, которые обладают иерархией подсистем) позволяет определять принципы синергетичности системных сообществ при изменении экологических обстоятельств.

Триединая платформа обеспечивает рассмотрение переходных нейроинформационных процессов, связывающих физиологические явления в мозге с психикой. Благодаря такой платформе психотерапевт получает возможность анализировать индивидуальное состояние пациента, а также состояние микросоциальных образований, оценивать их функциональный ресурс, прогнозировать развитие и разрабатывать методы индивидуальной и групповой психологической помощи, основанные на обучающих программах. В наиболее общем виде обучение понимается как процесс накопления памяти для построения достоверных моделей внешнего мира и собственного «Я». Разделяются два типа обучения, во-первых,  механическое накопление памяти с  формированием «базы данных» и, во-вторых, получение знания и навыков  под контролем наставника, а также  накопление жизненного опыта в процессе "проб и ошибок" и .в результате индивидуального познания.